硝酸態窒素
畜産の糞尿には、分解されにくい尿酸態窒素（馬尿酸窒素）が多く含まれます。これら尿素態の形で植物が直接吸収すれば枯死するわけで、未熟なものは大変問題です。
それだけでなく、土壌中で酸化（腐敗）分解が進み、アンモニア、硝酸態窒素に急激に分解されます。
特に遺伝子組み換え種子肥料や、遺伝子組み換え飼料で育てられた畜糞堆肥は酸化（腐敗）が強く、アンモニア、硝酸態窒素が急激に発生します。
硝酸態窒素は、苦く、まずく、発癌因子のあるニトロソロアミンを体内で多く生成させ、糖尿病などの成人病を引き起こすため危険です。
また、病害虫も多く発生させます。有機堆肥であっても、注意しなければ安全であるとは決して言えません。
畜産で敷料に使われている木材粉やバーク堆肥（木の皮）にも、樹脂毒素等も含まれるので、十分に吟味し、選択しなければなりません。
化学汚染物質
市販堆肥のほとんどに、汚泥が含まれています。
汚泥は、凝集沈殿のために硫酸アルミを多く使用します。それらを多量混合して堆肥などを作っていることが多いです。
毛髪検査によって体内に含まれる化学物質を知ることができるようになり、体内にアルミニウムが異常に多いことが判明しています。
アルミ食器だけではなく、汚泥堆肥や汚泥肥料によるところが多くあると推測されます。特に下水汚泥となりますと、当然薬剤も入るでしょうし、何が入っているのかわからない危険があります。